Молодой звездный археолог Юно Скрайя прилетел на нецивилизованную планету №97 (она же Земля), чтобы собрать утерянные артефакты. Увы, Драгоценные Семена, хранилища магической энергии, уже включили защитную программу, и Юно, получив по первое число, быстро понял, что сам много не навоюет. Не беда – на то есть местные жители. 9-летняя Наноха Такамати, получив мысленный призыв о помощи, спасла раненого Юно, и, обсудив с ним ситуацию, согласилась помочь. Но недолго Наноха вместе с Юно (для конспирации принявшим облик горностая) вели жизнь махо-сёдзё и ее спутника-добуцу. Только-только японская школьница вошла во вкус и развила магические способности, как пришлось столкнуться с такой же девочкой по имени Фейт Тестаросса, прибывшей за Семенами по приказу злобной матери. Первая же встреча показала Нанохе, что в новом для нее мире техномагии природный талант мало значит против опыта и учебы у мастеров. Только рыцарская натура Фейт позволила Нанохе сохранить жизнь. Обдумав ситуацию, Наноха поняла, что желает подружиться с Фейт и помочь ей, но та станет слушать или равную себе, или сильнейшую. Подготовившись и окрепнув духом, дочь самураев вызвала соперницу на решающий поединок, в ходе которого вокруг Земли начала рваться сама ткань Пространства. Пришло время вмешательства уже высших сил, а для всех героев наступает время выбора…

После стычки с магами и ситуации с драгоценными семенами прошло время. Школьница младших классов Наноха продолжает жить обычной жизнью и мечтает снова встретиться со своей подругой Фэйт. Но вскоре Наноха получает предупреждение, что на неё будет совершено нападение.